Černý má na konte za reprezentačné "áčko" 30 štartov a osem gólov. Naposledy nastúpil za národný tím vlani v októbri pri prehre 1:2 v kvalifikácii na Faerských ostrovoch, po ktorej skončil tréner Ivan Hašek.
Práve po tomto zápase bolo Černému vyčítané, že sa mal podieľať na jednom z inkasovaných gólov. Od tejto chvíle sa podľa informácií českej verzie Flashscore Správ vzťahy medzi ním a reprezentáciou zhoršili a postupne sa prerušil akýkoľvek kontakt. Na marcovú baráž aj následné MS ho kouč Koubek nenominoval so slovami, že mu nevyhovuje z pohľadu hráčskej typológie.
"Odchod z národného tímu je bolestivý, ale bolo to rozhodnutie, o ktorom som už nejaký čas uvažoval. Odohral som viac ako 30 zápasov, dokázal som svoju kvalitu, ale od samého začiatku mi tam chýbalo uznanie. Pre mňa bolo najjednoduchšie povedať - dobre, teraz je ten správny čas a budem sa naplno sústrediť na Besiktas. Pretože tu mám pred sebou veľmi dôležité veci, ktoré musím dosiahnuť," povedal Černý v rozhovore pre TRT Spor.
Černý nie je prvým českým hráčom, ktorý v lete ukončil reprezentačnú kariéru. Po svetovom šampionáte sa s národným dresom rozlúčili obranca Holeš a najlepší strelec aktuálneho výberu Schick. Ďalšiu budúcnosť v reprezentácii zvažuje bývalý kapitán Tomáš Souček.