Müller sa s Bayernom rozlúčil po vyradení vo štvrťfinále majstrovstiev sveta klubov. V bavorskom celku strávil celú kariéru, počas ktorej za klub odohral 756 súťažných zápasov a dal 250 gólov. Za 17 rokov s Bayernom získal 34 trofejí vrátane 13 titulov a dvoch úspechov v Lige majstrov.
Za nemeckú reprezentáciu odohral 131 stretnutí, v ktorých strelil 45 presných zásahov. Národnému tímu pomohol v roku 2014 k triumfu na majstrovstvách sveta. Na konte má aj bronz z roku 2010 a tretie miesto s Nemeckom obsadil aj v roku 2012 na európskom šampionáte.