Tesne po druhej svetovej vojne bol Busby vymenovaný za trénera Manchestru United a stal sa synonymom úspechu klubu. V roku 1952 získali United prvý titul od roku 1911 a iba tretí vo svojej histórii. V 50. rokoch dosiahli mnoho ďalších veľkých triumfov. Busby veľmi veril mladým hráčom, preto si jeho celok vyslúžil prezývku Busby Babes a v rokoch 1956 a 1957 oslavoval ďalšie dve prvenstvá.
Aj sezóna 1957/58 prebiehala podľa plánu, tím bol v popredí ligovej tabuľky a v prvom kole PMEZ vyradil írsky Shamrock Rovers. V ďalšej fáze potom prešiel cez silnú Duklu Praha, aby sa vo štvrťfinále stretol s vtedy ešte juhoslovanskou Crvenou Zvezdou Belehrad.
V úvodnom súboji na Old Trafforde otočili United skóre z polčasových 0:1 na 2:1 a do Belehradu leteli obhajovať víťazstvo. Vďaka skvelej prvej polovici viedli 3:0 – dvakrát sa trafil Bobby Charlton a raz Dennis Viollet. Po trefách svojich dvoch najväčších hviezd už Busby Babes hľadeli do semifinále.
Hoci sa Crvenej Zvezde podarilo počas druhého polčasu vyrovnať na 3:3, z postupu sa radovali United a s vekovým priemerom 22 rokov sa o nich hovorilo ako o tíme, ktorý bude v nasledujúcich rokoch dominovať európskemu futbalu. Spiatočná cesta z Juhoslávie sa však zmenila na tragédiu...
Mníchovská katastrofa
Deň po zápase v Belehrade, vo štvrtok 6. februára 1958, muselo lietadlo British European Airways s hráčmi, vedením Manchestru, niekoľkými novinármi a fanúšikmi na palube pristáť v Mníchove, aby doplnilo palivo. Cesta z dejiska zápasu domov bola pre daný stroj dlhá, medzipristátie bolo plánované.
Februárové počasie však mníchovské letisko zavialo množstvom snehu. Ten sa zmenil na ľadovú pokrývku, ktorá sťažovala manévrovanie lietadla po dráhe. Pristátie sa ešte podarilo, keď sa však po dotankovaní piloti snažili vzlietnuť, nešlo to. Prvý pokus museli prerušiť a ani druhýkrát to nebolo lepšie. Pretože ich tlačil letový poriadok a nechceli byť pozadu, čiastočne aj kvôli slávnym futbalistom sa rozhodli vložiť všetko svoje úsilie tretíkrát.
Ľadová kaša na dráhe im však nedovolila nabrať potrebnú rýchlosť na vzlet. Stroj narazil do snehovej bariéry, a keď prerazil letiskový plot, odtrhlo sa mu ľavé krídlo. Trup sa zastavil až po náraze do blízkeho domu.
V obave, že by lietadlo mohlo explodovať, začal pilot James Thain, ktorý z nehody vyviazol bez vážnejších zranení, pomáhať cestujúcim von. S evakuáciou ostatných okamžite začal aj brankár Harry Gregg, aj keď na chvíľu upadol do bezvedomia. Šokovaný gólman s krvácajúcou hlavou a nehybnou rukou zachránil mnoho cestujúcich, vrátane spoluhráčov Charltona (vtedy 20-ročného) a Violleta.
Po chvíli lietadlo skutočne vzbĺklo, rovnako ako dom, do ktorého narazilo. Našťastie nikto zo šesťčlennej rodiny, ktorej dom patril, nebol v tej chvíli vo vnútri. Naopak v troskách stroja bolo mnoho obetí. Celkom 20 cestujúcich zomrelo na mieste, ďalší traja podľahli zraneniam neskôr. Medzi 23 tragicky zosnulými bolo osem hráčov a traja členovia realizačného tímu United.
Nehodu prežilo 21 cestujúcich, mnohí z nich si však následky zranenia niesli do konca života. Johnny Berry a Jackie Blanchflower sa už nikdy k futbalu nevrátili. Našťastie sedem ďalších, vrátane brankára Gregga - hrdinu, ktorý zachránil mnoho životov - mohlo pokračovať vo svojej kariére ďalej.
Z vážnych zranení sa zotavoval aj sám Busby. Dal sa síce dohromady fyzicky, bojoval však so svojou psychikou. Obviňoval sám seba. Chcel totiž pilotom povedať, aby neodlietali a počkali na lepšie podmienky, lenže nakoniec mlčal a neodvážil sa zasahovať do ich činnosti.
Na duši ho ťažil aj zdravotný stav zranených pozostalých. Chodil ich navštevovať do nemocnice a niekedy im musel klamať a tvrdiť, že ich spoluhráči sú v poriadku, aj keď boli mŕtvi. Busby preto zvažoval odchod z klubu, nakoniec ho však na zotrvanie presvedčila manželka, ktorá mu povedala, že musí pokračovať na počesť hráčov a kolegov, ktorí v Mníchove prišli o život.
Presne 10 rokov po katastrofe, ešte pod Busbyho vedením, vyhral Manchester vtedy najprestížnejšiu klubovú súťaž - PMEZ. Vo finále porazili Benficu Lisabon so slávnym Eusébiom v zostave 2:1 po predĺžení. Oba góly strelil Bobby Charlton... Bol to pre neho a Busbyho veľmi emotívny zápas. Triumf priniesol im obom aj komunite United obrovské uspokojenie.