Do sezóny 2007/08 vstúpil tím z juhu Anglicka prezývaný podľa základne kráľovského námorníctva Pompey ako už etablovaný člen Premier League. Do najvyššej anglickej súťaže postúpil v roku 2003, ale prvé ročníky boli skôr bojom o záchranu. Prelom priniesol až ročník 2006/07, keď sa Portsmouth usadil na deviatom mieste tabuľky. O rok neskôr prekonali hráči z južného pobrežia všetky očakávania – vyhrali FA Cup a po takmer šiestich desaťročiach sa radovali z cennej trofeje.
Na ceste za titulom Portsmouth okrem iných vyradil Manchester United a vo finále sa stretol s Cardiffom City, ktorý vtedy pôsobil v Championship. Vo Wembley o triumfe rozhodol jediný gól, ktorý strelil Nwankwo Kanu, bývalý kanonier Arsenalu a jedna z najväčších hviezd tímu. Portsmouth porazil waleský tím 1:0 a vyhral FA Cup druhýkrát v histórii klubu, prvýkrát zvíťazil v roku 1939.
Tréner Harry Redknapp mal k dispozícii ďalších skvelých hráčov. V bránke stál skúsený David James, obranu viedol kapitán Sol Campbell a pravú stranu zabezpečoval Glen Johnson. V strede poľa žiarili africkí velikáni Papa Bouba Diop a Sulley Muntari, ako aj Lassana Diarra a Niko Kranjčar, zatiaľ čo Jermain Defoe bol v útoku spolu s Kanuom.
Sekundy od víťazstva
Pred sezónou 2008/09 došlo k obmene kádra, Muntari zamieril do Interu, zatiaľ čo do tímu prišli vysoký útočník Peter Crouch a francúzsky obranca Younes Kaboul. Portsmouth sa pripravoval na svoje vôbec prvé vystúpenie v európskych súťažiach, ktoré sa ukázalo ako posledné.
Skupinová fáza Pohára UEFA mala vtedy skupinový formát, jednu tvorilo päť klubov hrajúcich jediný vzájomný zápas. Vrcholom pre Pompey bol domáci duel proti AC Miláno, v ktorom sa predstavil držiteľ Zlatej lopty Kaká. Diváci, ktorí zaplnili vypredaný Fratton Park, boli svedkami vynikajúceho zápasu.
Prvý polčas sa skončil bez gólov, ale domáci sa po prestávke ujali vedenia. Góly Kaboula a Kanua priniesli Pompey vedenie 2:0, zatiaľ čo Crouch spálil tri šance. Bohužiaľ, svoje slovo mali aj talianski giganti. V 84. minúte znížil Ronaldinho krásnou strelou z priameho kopu a v druhej minúte nadstaveného času vyrovnal Inzaghi.
Remíza s AC Miláno bola druhým zápasom Portsmouthu v skupine, ten úvodný v Brage prehral. Potom nedokázal poraziť nemecký Wolfsburg a jediné víťazstvo dosiahol doma proti holandskému Heerenveenu. Štyri body na postup nestačili a európsky sen sa rozplynul. Onedlho sa klub stretával s oveľa väčšími problémami.
Sedemročný pobyt v Premier League sa skončil v ročníku 2009/10, keď výber z Fratton Parku zostúpil do Championship. To však bolo iba predzvesťou ešte hlbších problémov. Klub dvakrát skončil pod nútenou správou, nasledovali tri zostupy a Portsmouth sa prepadol až do League Two. Zachránil ho až fond Pompey Supporters Trust v roku 2013. Finančne sa mužstvo začalo zotavovať až v sezóne 2016/17, keď vyhralo štvrtú divíziu League Two. V League One triumfovalo v minulom ročníku a vrátilo sa tak do Championship.
Čo sa týka titulov z rôznych ligových súťaží, Portsmouthu sa podarilo vyhrať aj druhú najvyššiu súťaž v roku 2003 a v prvej lige získal titul dokonca dvakrát za sebou v rokoch 1949 a 1950. Je tak jedným z iba piatich anglických klubov, ktorý ovládol všetky štyri úrovne profesionálneho anglického futbalu.