Quintana sa mal pôvodne lúčiť na Vuelte, ktorú vyhral v roku 2016. Tím Movistar ho však na preteky nevzal. Naposledy kolumbijský vrchár štartoval začiatkom augusta na pretekoch Okolo Burgosu, kde skončil celkovo osemnásty. O tom, že tento rok ukončí kariéru, Quintana informoval už na jar.
Medzi profesionálmi nazbieral 54 víťazstiev. V roku 2014 sa stal prvým kolumbijským víťazom Gira d'Italia. O dva roky neskôr triumfoval na Vuelte. Na Tour de France bol druhý v rokoch 2013 a 2015. Na Grand Tours si pripísal celkovo osem individuálnych etapových víťazstiev. Ovládol aj etapové preteky Okolo Baskicka, Okolo Katalánska, Okolo Romandie či Tirreno-Adriatico.
V roku 2022 mal Quintana na Tour de France dva pozitívne testy na liek proti bolesti tramadol, ktorého užívanie počas súťaže lekárske predpisy Medzinárodnej cyklistickej únie zakazovali. UCI za to jazdca dodatočne diskvalifikovala z konečného šiesteho miesta. Keďže tramadol nebol na zozname zakázaných látok Svetovej antidopingovej agentúry WADA, zákaz činnosti Quintana nedostal.