Aj jej aktiváciou by však tím zo San Sebastiánu na hráčovi výrazne zarobil, keďže ho pred rokom a pol kúpil z Realu Madrid za približne 6,5 milióna eur. Odvtedy odohral Japonec za klub 71 zápasov, v ktorých strelil pätnásť gólov a na ďalších trinásť prihral.
Vo svojej doterajšej kariére hral Kubo len v rodnom Japonsku a Španielsku. V mladosti obliekal dres Barcelony a po návrate na Pyrenejský polostrov sa upísal Realu Madrid. Za ten síce nenastúpil, ale výkony na hosťovaniach v Malorke, Villarreale a Getafe mu vyniesli prestup do "La Realu".
Okrem toho bol pevnou súčasťou národného tímu svojej krajiny, s ktorou hral na nedávnom Ázijskom pohári. V 34 zápasoch skóroval štyrikrát a sedemkrát asistoval.