Lemieux sa stal vlastníkom v roku 1999, keď sa klub nachádzal na pokraji bankrotu a hrozilo mu presťahovanie. Časť peňazí, ktoré mu organizácia dlhovala na odloženom plate, premenil na vlastnícky podiel a pomohol udržať tím v Pittsburghu. Stal sa vôbec prvým bývalým hráčom NHL, ktorý získal kontrolu nad klubom, v ktorom pôsobil.
Počas jeho éry vo vlastníckej skupine získali Penguins tri Stanleyho poháre v rokoch 2009, 2016 a 2017. Lemieux tak má na konte päť triumfov, dva získal ešte ako hráč v rokoch 1991 a 1992. V roku 2021 Lemieux s Burklom predali väčšinový podiel Fenway Sports Group za približne 900 miliónov dolárov, no obaja si nechali menšinové časti.
Tie však teraz po ďalšej zmene vlastníka definitívne predali. Penguins totiž v júni 2026 prevzala Hoffmann Family of Companies v transakcii v hodnote zhruba 1,75 miliardy dolárov. Napriek tomu Lemieux z Pittsburghu neodchádza úplne. Noví majitelia už v lete deklarovali, že chcú, aby zostal súčasťou organizácie.
Hoffmann dokonca uviedol, že by bol rád, keby sa Lemieux zapojil "akýmkoľvek spôsobom", aký mu bude dávať zmysel. Jeho vlastnícka kapitola sa po 27 rokoch končí, no miesto v histórii ostáva. Je rekordérom klubu v počte gólov (690) a s 1 723 bodmi druhým najproduktívnejším hráčom v dejinách organizácie za Sidneym Crosbym.